PofoliaPofolia ile paylaşıldı

Journal of Chemical Theory and Computation· 2012Q1

MMPBSA.py: Durum Sonu Serbest Enerji Hesaplamaları İçin Verimli Bir Program

<i>MMPBSA.py</i>: An Efficient Program for End-State Free Energy Calculations

Bill R. Miller, T. Dwight McGee, Jason Swails, Nadine Homeyer ve diğerleri

Kısa özet

MMPBSA.py, çözümdeki moleküller için durum sonu serbest enerji hesaplamalarını kolaylaştıran yeni bir Python programıdır; birden fazla çözünme modeli ve hız için paralel işlemeyi sunar.

Yapay zekâ ile başlık ve abstract'tan üretildi; tam metin okunmaz.

Ana noktalar

  • MMPBSA.py, MD/MC simülasyonlarından serbest enerji hesaplamalarını otomatikleştirir.
  • Poisson-Boltzmann, Generalized Born ve Reference Interaction Site Model çözünmelerini içerir.
  • Normal mod veya quasi-harmonik analiz yoluyla entropi tahminini destekler.
  • Paralel işlem, hesaplama süresini önemli ölçüde hızlandırır.
  • Belirli etkileşim analizleri için serbest enerji ayrıştırma ve alanin taramasını sunar.

Yapay zekâ ile başlık ve abstract'tan üretildi; tam metin okunmaz.

Özet (abstract)

MM-PBSA is a post-processing end-state method to calculate free energies of molecules in solution. MMPBSA.py is a program written in Python for streamlining end-state free energy calculations using ensembles derived from molecular dynamics (MD) or Monte Carlo (MC) simulations. Several implicit solvation models are available with MMPBSA.py, including the Poisson-Boltzmann Model, the Generalized Born Model, and the Reference Interaction Site Model. Vibrational frequencies may be calculated using normal mode or quasi-harmonic analysis to approximate the solute entropy. Specific interactions can also be dissected using free energy decomposition or alanine scanning. A parallel implementation significantly speeds up the calculation by dividing frames evenly across available processors. MMPBSA.py is an efficient, user-friendly program with the flexibility to accommodate the needs of users performing end-state free energy calculations. The source code can be downloaded at http://ambermd.org/ with AmberTools, released under the GNU General Public License.

Yazarların özeti; kaynağından alınmıştır. Journal of Chemical Theory and Computation, 2012 · DOI ↗

ÇıkarımlarPremium
Makaleye SorÜcretsiz hesapla

Ücretsiz hesapla devam et

Makaleye Sor ile bu makaleye günde 3 soru ücretsiz; makaleyi kaydet, kaynakçasını al, ilgi alanına göre her gün yeni özetler. Çıkarımlar Premium.

Web'de ücretsiz devam et

Google ya da Apple hesabınla giriş; kart istemez. Bu makaleye geri dönersin.

Telefonda:

Google Play'den indir App Store'dan indir

Benzer makaleler

Alan: Atom ve Molekül Fiziği ve Optik

Atomic and Molecular Physics, and OpticsPhysics and Astronomy