Journal of Computer-Aided Molecular Design· 2012Q2
Veri setinin hazırlanmasından kaynaklanan kenetleme başarı oranlarındaki değişkenlik
Variability in docking success rates due to dataset preparation
- 472atıf
- Q2SCImago
- 2012yıl
Kısa özet
Veri setinin hazırlanmasındaki 0.5 kcal/mol'lük bir hata, kenetleme başarı oranlarında %20'nin üzerinde dalgalanmalara neden olabilir ve kenetleme başarısızlıklarının önemli bir nedeni olarak bağlı suların eksikliği belirlenmiştir.
Yapay zekâ ile başlık ve abstract'tan üretildi; tam metin okunmaz.
Ana noktalar
- 0.5 kcal/mol'lük bir veri seti hazırlama hatası, kenetleme başarı oranlarında %20'den fazla dalgalanmaya neden oldu.
- GBVI/WSA dG puanlama fonksiyonuna sahip MOE yazılımı, Astex hedeflerinin %80'i için X-ışını yapılarına 2 Å içinde en iyi puan alan pozu üretti.
- Hedeflerin %91'inde en iyi 30 poz içinde 2 Å içinde bir poz üretildi.
- Kenetleme başarısızlıkları büyük ölçüde kaynak veri setindeki bağlı suların yokluğuna atfedildi.
Yapay zekâ ile başlık ve abstract'tan üretildi; tam metin okunmaz.
Özet (abstract)
The results of cognate docking with the prepared Astex dataset provided by the organizers of the "Docking and Scoring: A Review of Docking Programs" session at the 241st ACS national meeting are presented. The MOE software with the newly developed GBVI/WSA dG scoring function is used throughout the study. For 80 % of the Astex targets, the MOE docker produces a top-scoring pose within 2 Å of the X-ray structure. For 91 % of the targets a pose within 2 Å of the X-ray structure is produced in the top 30 poses. Docking failures, defined as cases where the top scoring pose is greater than 2 Å from the experimental structure, are shown to be largely due to the absence of bound waters in the source dataset, highlighting the need to include these and other crucial information in future standardized sets. Docking success is shown to depend heavily on data preparation. A "dataset preparation" error of 0.5 kcal/mol is shown to cause fluctuations of over 20 % in docking success rates.
Yazarların özeti; kaynağından alınmıştır. Journal of Computer-Aided Molecular Design, 2012 · DOI ↗
Ücretsiz hesapla devam et
Makaleye Sor ile bu makaleye günde 3 soru ücretsiz; makaleyi kaydet, kaynakçasını al, ilgi alanına göre her gün yeni özetler. Çıkarımlar Premium.
Web'de ücretsiz devam etGoogle ya da Apple hesabınla giriş; kart istemez. Bu makaleye geri dönersin.
Telefonda:
Alan: Radyasyon
RadiationPhysics and Astronomy