Bioinformatics· 2026Q1
PanRes: 3B tabanlı protein homoloji aramasına izin veren gizli ve kazanılmış antimikrobiyal direnç veritabanı
PanRes: A database of latent and acquired antimicrobial resistance allowing 3D-based protein homology search
- 4atıf
- Q1SCImago
- 2026yıl
Kısa özet
PanRes, 11.717 kazanılmış ve gizli antimikrobiyal direnç genini entegre eden yeni bir veritabanıdır; protein yapısı bazlı kümeleme yaparak, geleneksel dizi tabanlı yöntemlerden daha fazla farklı direnç belirleyicisini tespit eden homoloji aramalarına olanak tanır.
Yapay zekâ ile başlık ve abstract'tan üretildi; tam metin okunmaz.
Ana noktalar
- PanRes, 11.717 kazanılmış ve gizli antimikrobiyal, biyosit ve metal direnç genini entegre eder.
- Proteinler, tahmin edilen 3B yapılar temelinde 505 yüksek güvenilirlikli yapısal olarak korunmuş gruba ayrılır.
- Yapısal rehberliğinde Gizli Markov Modelleri (HMM'ler) uzak homoloji aramalarına olanak tanır.
- Atık su metagenomlarında, PanRes HMM'leri BLAST'tan %35,3 daha fazla direnç geni tespit etti, bu da farklılaşmış beta-laktamazları içeriyordu.
Yapay zekâ ile başlık ve abstract'tan üretildi; tam metin okunmaz.
Özet (abstract)
Abstract Motivation Antimicrobial resistance databases are central to genomic surveillance, but resistance determinants remain distributed across resources with different scopes, structures, and annotations. Results We developed PanRes, a curated resistance database of 11 717 genes integrating acquired and latent determinants of antibiotic, biocide, and metal resistance within a unified ontology. We predicted representative protein structures and clustered them by structural similarity, grouping proteins into 505 high-confidence structurally conserved clusters coherent despite sequence divergence. Their structure-guided alignments were used to build Hidden Markov Models (HMMs) for remote homology search. In seven wastewater metagenomes from five European cities, PanRes 3D-based HMMs expanded detection beyond what was possible with BLAST, with 35.3% of retained hits identified only by the HMMs and generally showing greater divergence from known proteins. For beta-lactamases, several proteins retained beta-lactamase-like folds and catalytic geometry despite weak sequence similarity. Availability and implementation PanRes is available through an interactive web platform (https://panres.rambio.dk/), a structure-informed resource for exploring the whole resistome. The database, HMM profiles, and ontology are available at Zenodo (10.5281/zenodo.22876216). Supplementary information Supplementary data are available at Bioinformatics online.
Yazarların özeti; kaynağından alınmıştır. Bioinformatics, 2026 · DOI ↗
Ücretsiz hesapla devam et
Makaleye Sor ile bu makaleye günde 3 soru ücretsiz; makaleyi kaydet, kaynakçasını al, ilgi alanına göre her gün yeni özetler. Çıkarımlar Premium.
Web'de ücretsiz devam etGoogle ya da Apple hesabınla giriş; kart istemez. Bu makaleye geri dönersin.
Telefonda:
Molecular MedicineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology