PofoliaPofolia ile paylaşıldı

Microbial Genomics· 2026Q1

UShER-TB: Tüberküloz Genomlarının Ölçeklenebilir Filogenomik Analizi

UShER-TB: scalable, comprehensive, accessible phylogenomic analysis of Mycobacterium tuberculosis

Lily Karim, Francisco José Martínez-Martínez, Ash O’Farrell, Angie S. Hinrichs ve diğerleri

Kısa özet

UShER-TB, önceki hesaplama sınırlamalarını aşan, tüberküloz (TB) etkeni Mycobacterium tuberculosis genomlarının ölçeklenebilir ve kapsamlı filogenomik analizini sağlayan yeni bir hesaplama hattıdır.

Yapay zekâ ile başlık ve abstract'tan üretildi; tam metin okunmaz.

Ana noktalar

  • UShER-TB, Mycobacterium tuberculosis (MTB) için ölçeklenebilir filogenomik analiz sağlayan kapsamlı bir hattır.
  • Bulaşma kümesi yeniden yapılandırmasında yüksek doğrulukla küresel bir filogeni oluşturmak için 129.312 MTB genomunu işledi.
  • Hat, potansiyel yeni soy hatlarını ve alt soy hatlarını tanımladı ve eski DNA örneklerini başarıyla yerleştirdi.
  • UShER-TB, küresel bulaşma sıcak noktalarını ve giriş modellerini ortaya çıkarmak için gerçek zamanlı analiz sağlar.

Yapay zekâ ile başlık ve abstract'tan üretildi; tam metin okunmaz.

Özet (abstract)

Abstract Mycobacterium tuberculosis, the bacterium responsible for the Tuberculosis (TB) disease, remains a leading global infectious disease killer, and genomic epidemiology is essential for understanding its transmission dynamics. Computational limitations prevent comprehensive phylogenetic analysis of the publicly available Mycobacterium tuberculosis genomes. Here, we create UShER-TB, a comprehensive pipeline for scalable phylogenomic MTB analysis. We processed 129,312 MTB genomes to construct a comprehensive global phylogeny capturing unprecedented genomic diversity. UShER-TB achieved high accuracy in transmission cluster reconstruction. The comprehensive phylogeny also facilitated identification of putative novel lineages and sublineages, and successful placement of ancient DNA samples. The UShER-TB platform enables real-time phylogenomic analysis of new genomes, revealing transmission hotspots and introduction patterns at global scales. Our approach overcomes longstanding computational barriers, providing researchers with efficient tools for TB genomic surveillance especially for resource-limited settings where TB burden is highest.

Yazarların özeti; kaynağından alınmıştır. Microbial Genomics, 2026 · DOI ↗

ÇıkarımlarPremium
Makaleye SorÜcretsiz hesapla

Ücretsiz hesapla devam et

Makaleye Sor ile bu makaleye günde 3 soru ücretsiz; makaleyi kaydet, kaynakçasını al, ilgi alanına göre her gün yeni özetler. Çıkarımlar Premium.

Web'de ücretsiz devam et

Google ya da Apple hesabınla giriş; kart istemez. Bu makaleye geri dönersin.

Telefonda:

Google Play'den indir App Store'dan indir

Alan: Enfeksiyon Hastalıkları

Infectious DiseasesMedicine