Nature Biotechnology· 2019Q1
Rumen mikrobiyom biyolojisi ve enzim keşfi için 4.941 rumen metagenom-birleştirilmiş genom derlemesi
Compendium of 4,941 rumen metagenome-assembled genomes for rumen microbiome biology and enzyme discovery
- 660atıf
- Q1SCImago
- 2019yıl
Kısa özet
Araştırmacılar, sığır rumenden 4.941 mikrobiyal genom birleştirdi, bu da rumen mikrobiyom verilerinin analiz edilme ve yeni sindirim enzimlerinin keşfedilme yeteneğini önemli ölçüde artırdı.
Yapay zekâ ile başlık ve abstract'tan üretildi; tam metin okunmaz.
Ana noktalar
- Kapsamlı dizileme verileri kullanılarak sığır rumenden 4.941 rumen mikrobiyal genomu birleştirildi.
- Bakteriyel ve arkebakteriyel MAG'ler için %80'in üzerinde genom tamlığı sağlayan bir iş akışı geliştirildi.
- Yeni genom koleksiyonu kullanılarak metagenomik okuma eşleştirme oranları %15'ten %50-70'e çıkarıldı.
- Daha önce bilinmeyen iki tür de dahil olmak üzere üç tek-kontiğli, tam kromozom bakteriyel birleştirme tanımlandı.
Yapay zekâ ile başlık ve abstract'tan üretildi; tam metin okunmaz.
Özet (abstract)
Ruminants provide essential nutrition for billions of people worldwide. The rumen is a specialized stomach that is adapted to the breakdown of plant-derived complex polysaccharides. The genomes of the rumen microbiota encode thousands of enzymes adapted to digestion of the plant matter that dominates the ruminant diet. We assembled 4,941 rumen microbial metagenome-assembled genomes (MAGs) using approximately 6.5 terabases of short- and long-read sequence data from 283 ruminant cattle. We present a genome-resolved metagenomics workflow that enabled assembly of bacterial and archaeal genomes that were at least 80% complete. Of note, we obtained three single-contig, whole-chromosome assemblies of rumen bacteria, two of which represent previously unknown rumen species, assembled from long-read data. Using our rumen genome collection we predicted and annotated a large set of rumen proteins. Our set of rumen MAGs increases the rate of mapping of rumen metagenomic sequencing reads from 15% to 50-70%. These genomic and protein resources will enable a better understanding of the structure and functions of the rumen microbiota.
Yazarların özeti; kaynağından alınmıştır. Nature Biotechnology, 2019 · DOI ↗
Ücretsiz hesapla devam et
Makaleye Sor ile bu makaleye günde 3 soru ücretsiz; makaleyi kaydet, kaynakçasını al, ilgi alanına göre her gün yeni özetler. Çıkarımlar Premium.
Web'de ücretsiz devam etGoogle ya da Apple hesabınla giriş; kart istemez. Bu makaleye geri dönersin.
Telefonda:
Alan: Agronomi ve Bitkisel Üretim
Agronomy and Crop ScienceAgricultural and Biological Sciences