Pathogens· 2026Q1
Genişletilmiş Kakao Yaprak Kıvırcık Virüsü Genomik Çeşitliliği, Çoklu RT-PCR Kullanılarak İyileştirilmiş Tespiti Sağlıyor
Expanded Genomic Diversity of Cacao Leafroll Virus Enables Improved Detection Using Multiplex RT-PCR
- 0atıf
- Q1SCImago
- 2026yıl
Kısa özet
Yeni çoklu RT-PCR analizleri, Kakao yaprak kıvırcık virüsünü (CaLRV), önceki yöntemlerle gözden kaçan yüksek derecede farklılaşmış bir suş dahil (CaLRV-LCTEEN412) tespit ediyor.
Yapay zekâ ile başlık ve abstract'tan üretildi; tam metin okunmaz.
Ana noktalar
- Yüksek derecede farklılaşmış bir CaLRV suşu (CaLRV-LCTEEN412), yayınlanmış RT-PCR analizleriyle tutarsız sonuçlar gösterdi.
- Metatranskriptomik dizileme ve RNA-seq veri setleri, dört yeni, tama yakın CaLRV genom dizisi üretti.
- CaLRV-LCTEEN412, eski suşlar arasındaki %98.8–99.7'lik nükleotid kimliğine kıyasla, daha önce rapor edilen CaLRV genomlarıyla %85.0–%85.2 nükleotid kimliği sergiledi.
- Genişletilmiş hizalamadan geliştirilen ve valide edilen iki yeni çift hedefli çoklu RT-PCR analizi, farklılaşmış suş dahil olmak üzere CaLRV tespitini iyileştirdi.
Yapay zekâ ile başlık ve abstract'tan üretildi; tam metin okunmaz.
Özet (abstract)
Cacao leafroll virus (CaLRV; species Polerovirus CALRV, family Solemoviridae), previously referred to as cacao polerovirus, infects cacao (Theobroma cacao) germplasm in the Americas. Screening of 287 cacao accessions with three published multiplex RT-PCR assays detected CaLRV in nine accessions but produced reproducibly discordant results for the accession LCT EEN 412. Metatranscriptomic sequencing generated three near-complete CaLRV genome sequences, CaLRV-TSAN792, CaLRV-POUND15A, and CaLRV-LCTEEN412 (5985–5989 nt), from accessions originating from Brazil, Trinidad and Tobago, and Ecuador, respectively. The divergent CaLRV-LCTEEN412 assembly was verified by RT-PCR, cloning, and nanopore sequencing. In addition, analysis of five public cacao RNA-seq datasets yielded one near-complete CaLRV-PA16 assembly included in whole-genome analysis and four fragmented assemblies that informed primer design. Comparison of the four sequences characterised here with six previously reported genomes showed that nine shared 98.8–99.7% pairwise nucleotide identity, whereas CaLRV-LCTEEN412 shared 85.0–85.2%. Primer-binding-site mismatches in CaLRV-LCTEEN412 were consistent with its discordant detection by published assays. Two new multiplex RT-PCR assays were therefore designed from the expanded alignment and evaluated using four CaLRV-positive cacao accessions, including LCT EEN 412. These results expand known CaLRV genomic diversity and provide dual-target tools that reduce dependence on a single locus and enable recognition of target discordance.
Yazarların özeti; kaynağından alınmıştır. Pathogens, 2026 · DOI ↗
Ücretsiz hesapla devam et
Makaleye Sor ile bu makaleye günde 3 soru ücretsiz; makaleyi kaydet, kaynakçasını al, ilgi alanına göre her gün yeni özetler. Çıkarımlar Premium.
Web'de ücretsiz devam etGoogle ya da Apple hesabınla giriş; kart istemez. Bu makaleye geri dönersin.
Telefonda:
HorticultureAgricultural and Biological Sciences