Nucleic Acids Research· 2012Q1
dbCAN: Otomatik Karbonhidrat Aktif Enzim Açıklaması İçin Bir Web Kaynağı
dbCAN: a web resource for automated carbohydrate-active enzyme annotation
- 1.974atıf
- Q1SCImago
- 2012yıl
Kısa özet
dbCAN, her bir CAZim ailesi için özel Gizli Markov Modelleri (HMM'ler) kullanarak karbonhidrat aktif enzimlerin (CAZimler) açıklanmasını otomatikleştiren yeni bir web kaynağıdır.
Yapay zekâ ile başlık ve abstract'tan üretildi; tam metin okunmaz.
Ana noktalar
- dbCAN, Karbonhidrat Aktif Enzimlerin (CAZimler) otomatik açıklanmasını sunar.
- Her CAZim ailesi için özel Gizli Markov Modelleri (HMM'ler) kullanır.
- HMM'ler, korunmuş alan veritabanı aramaları ve literatür kürasyonundan oluşturulur.
- Kaynak, genomlar dahil olmak üzere herhangi bir protein veri setindeki CAZimler açıklayabilir.
Yapay zekâ ile başlık ve abstract'tan üretildi; tam metin okunmaz.
Özet (abstract)
Carbohydrate-active enzymes (CAZymes) are very important to the biotech industry, particularly the emerging biofuel industry because CAZymes are responsible for the synthesis, degradation and modification of all the carbohydrates on Earth. We have developed a web resource, dbCAN (http://csbl.bmb.uga.edu/dbCAN/annotate.php), to provide a capability for automated CAZyme signature domain-based annotation for any given protein data set (e.g. proteins from a newly sequenced genome) submitted to our server. To accomplish this, we have explicitly defined a signature domain for every CAZyme family, derived based on the CDD (conserved domain database) search and literature curation. We have also constructed a hidden Markov model to represent the signature domain of each CAZyme family. These CAZyme family-specific HMMs are our key contribution and the foundation for the automated CAZyme annotation.
Yazarların özeti; kaynağından alınmıştır. Nucleic Acids Research, 2012 · DOI ↗
Ücretsiz hesapla devam et
Makaleye Sor ile bu makaleye günde 3 soru ücretsiz; makaleyi kaydet, kaynakçasını al, ilgi alanına göre her gün yeni özetler. Çıkarımlar Premium.
Web'de ücretsiz devam etGoogle ya da Apple hesabınla giriş; kart istemez. Bu makaleye geri dönersin.
Telefonda:
Alan: Biyomedikal Mühendislik
Biomedical EngineeringEngineering