Nature Communications· 2021Q1
CellChat Kullanarak Hücre-Hücre İletişiminin Çıkarımı ve Analizi
Inference and analysis of cell-cell communication using CellChat
- 8.427atıf
- Q1SCImago
- 2021yıl
Kısa özet
CellChat, tek hücreli RNA dizileme verilerinden hücreler arası iletişim ağlarını nicel olarak çıkaran ve analiz eden yeni bir hesaplama aracıdır.
Yapay zekâ ile başlık ve abstract'tan üretildi; tam metin okunmaz.
Ana noktalar
- CellChat, scRNA-seq verilerinden hücreler arası iletişim ağlarını nicel olarak çıkarır.
- Hücre sinyal giriş/çıkışlarını tahmin etmek için ağ analizi ve örüntü tanıma kullanır.
- Araç, sinyal yollarını sınıflandırır ve korunmuş ile bağlama özgü olanları ayırt eder.
- Karmaşık sinyal desenlerini çıkarmak için fare ve insan deri veri kümelerinde etkinliği gösterilmiştir.
Yapay zekâ ile başlık ve abstract'tan üretildi; tam metin okunmaz.
Özet (abstract)
Understanding global communications among cells requires accurate representation of cell-cell signaling links and effective systems-level analyses of those links. We construct a database of interactions among ligands, receptors and their cofactors that accurately represent known heteromeric molecular complexes. We then develop CellChat, a tool that is able to quantitatively infer and analyze intercellular communication networks from single-cell RNA-sequencing (scRNA-seq) data. CellChat predicts major signaling inputs and outputs for cells and how those cells and signals coordinate for functions using network analysis and pattern recognition approaches. Through manifold learning and quantitative contrasts, CellChat classifies signaling pathways and delineates conserved and context-specific pathways across different datasets. Applying CellChat to mouse and human skin datasets shows its ability to extract complex signaling patterns. Our versatile and easy-to-use toolkit CellChat and a web-based Explorer ( http://www.cellchat.org/ ) will help discover novel intercellular communications and build cell-cell communication atlases in diverse tissues.
Yazarların özeti; kaynağından alınmıştır. Nature Communications, 2021 · DOI ↗
Ücretsiz hesapla devam et
Makaleye Sor ile bu makaleye günde 3 soru ücretsiz; makaleyi kaydet, kaynakçasını al, ilgi alanına göre her gün yeni özetler. Çıkarımlar Premium.
Web'de ücretsiz devam etGoogle ya da Apple hesabınla giriş; kart istemez. Bu makaleye geri dönersin.
Telefonda:
Alan: Elektrik ve Elektronik Mühendisliği
Electrical and Electronic EngineeringEngineering