eLife· 2018Q1
RELION-3'te otomatik yüksek çözünürlüklü kriyo-EM yapı belirlemesi için yeni araçlar
New tools for automated high-resolution cryo-EM structure determination in RELION-3
- 5.499atıf
- Q1SCImago
- 2018yıl
Kısa özet
RELION-3, kriyo-elektron mikroskobisi (cryo-EM) yapı belirlemesi için, GPU desteğinin yanı sıra CPU tabanlı vektör hızlandırma ve etkileşimsiz işlemeye yönelik referanssız otomatik seçme gibi otomatik araçlar sunar.
Yapay zekâ ile başlık ve abstract'tan üretildi; tam metin okunmaz.
Ana noktalar
- RELION-3, esnek kaynak kullanımı ve bellek sınırlamalarından kaçınmak için CPU vektör hızlandırma ve GPU desteği ekler.
- Laplacian-of-Gaussian filtrelemeli referanssız otomatik seçme, veri toplama sırasında etkileşimsiz işlemeyi mümkün kılar.
- CTF parametrelerinin parçacık başına rafinasyonu ve ışın eğimi düzeltmesi, farklı buz yüksekliklerindeki parçacıklar için yeniden yapılandırma çözünürlüğünü iyileştirir.
- Ewald küresi eğriliği düzeltmesi, büyük parçacıklar için çözünürlüğü daha da artırır.
- Bu gelişmeler, Bayesçi hareket düzeltmesi ile birleştiğinde 0,2–0,7 Å çözünürlük iyileştirmeleri sağlar.
Yapay zekâ ile başlık ve abstract'tan üretildi; tam metin okunmaz.
Özet (abstract)
Here, we describe the third major release of RELION. CPU-based vector acceleration has been added in addition to GPU support, which provides flexibility in use of resources and avoids memory limitations. Reference-free autopicking with Laplacian-of-Gaussian filtering and execution of jobs from python allows non-interactive processing during acquisition, including 2D-classification, de novo model generation and 3D-classification. Per-particle refinement of CTF parameters and correction of estimated beam tilt provides higher resolution reconstructions when particles are at different heights in the ice, and/or coma-free alignment has not been optimal. Ewald sphere curvature correction improves resolution for large particles. We illustrate these developments with publicly available data sets: together with a Bayesian approach to beam-induced motion correction it leads to resolution improvements of 0.2–0.7 Å compared to previous RELION versions.
Yazarların özeti; kaynağından alınmıştır. eLife, 2018 · DOI ↗
Ücretsiz hesapla devam et
Makaleye Sor ile bu makaleye günde 3 soru ücretsiz; makaleyi kaydet, kaynakçasını al, ilgi alanına göre her gün yeni özetler. Çıkarımlar Premium.
Web'de ücretsiz devam etGoogle ya da Apple hesabınla giriş; kart istemez. Bu makaleye geri dönersin.
Telefonda:
Alan: Elektrik ve Elektronik Mühendisliği
Electrical and Electronic EngineeringEngineering