Genome biology· 2016
Gen İfade Verisinden Doku İmmün ve Stromal Hücre Bolluğunun Tahmini
Estimating the population abundance of tissue-infiltrating immune and stromal cell populations using gene expression
- 4.044atıf
- 2016yıl
Kısa özet
MCP-counter yöntemi, transkriptomik verilerden dokulardaki sekiz immün ve iki stromal hücre popülasyonunun mutlak bolluğunu sağlam bir şekilde ölçer ve in vitro ile ex vivo deneylerle doğrulanmıştır.
Yapay zekâ ile başlık ve abstract'tan üretildi; tam metin okunmaz.
Ana noktalar
- MCP-counter, transkriptomik verilerden 8 immün ve 2 stromal hücre popülasyonunun mutlak bolluğunu ölçer.
- Yöntem, in vitro mRNA karışımları ve ex vivo immünohistokimyasal veriler kullanılarak doğrulanmıştır.
- MCP-counter, önceki hesaplamalı yaklaşımların sınırlamalarının üstesinden gelir.
- İnsan tümörleri ve sağlıklı dokulara uygulanması, immün infiltrasyon modellerini ortaya çıkarır.
- Akciğer, kolorektal ve meme kanserlerinde sağkalımla ilişkili mikroçevre bazlı hasta stratifikasyonlarını tekrarlar.
Yapay zekâ ile başlık ve abstract'tan üretildi; tam metin okunmaz.
Özet (abstract)
We introduce the Microenvironment Cell Populations-counter (MCP-counter) method, which allows the robust quantification of the absolute abundance of eight immune and two stromal cell populations in heterogeneous tissues from transcriptomic data. We present in vitro mRNA mixture and ex vivo immunohistochemical data that quantitatively support the validity of our method's estimates. Additionally, we demonstrate that MCP-counter overcomes several limitations or weaknesses of previously proposed computational approaches. MCP-counter is applied to draw a global picture of immune infiltrates across human healthy tissues and non-hematopoietic human tumors and recapitulates microenvironment-based patient stratifications associated with overall survival in lung adenocarcinoma and colorectal and breast cancer.
Yazarların özeti; kaynağından alınmıştır. Genome biology, 2016 · DOI ↗
Ücretsiz hesapla devam et
Makaleye Sor ile bu makaleye günde 3 soru ücretsiz; makaleyi kaydet, kaynakçasını al, ilgi alanına göre her gün yeni özetler. Çıkarımlar Premium.
Web'de ücretsiz devam etGoogle ya da Apple hesabınla giriş; kart istemez. Bu makaleye geri dönersin.
Telefonda:
Alan: Onkoloji
OncologyMedicine