Journal of Proteome Research· 2026Q1
Orbitrap Ascend Tribrid Kütle Spektrometresinde Etiketsiz Proteomikte Veri Edinme Modları ve Parçalanma Tiplerinin Değerlendirilmesi
Evaluating Data Acquisition Modes and Fragmentation Types in Label-Free Proteomics on an Orbitrap Ascend Tribrid Mass Spectrometer
- 0atıf
- Q1SCImago
- 2026yıl
Kısa özet
Orbitrap Ascend kütle spektrometresinde, veri bağımsız toplama (DIA), veri bağımlı toplama (DDA) ve daha yüksek enerjili çarpışma ayrışması (HCD) ile parçalanma, daha fazla peptit ve protein tanımlaması sağladı; test edilen tüm yöntemler nicel olarak uyumlu sonuçlar verdi.
Yapay zekâ ile başlık ve abstract'tan üretildi; tam metin okunmaz.
Ana noktalar
- DIA toplama modu, test edilen tüm koşullarda DDA'dan daha fazla peptit ve protein tanımladı.
- HCD parçalanması, hem DIA hem de DDA içinde CID'ye göre mütevazı bir tanımlama avantajı sağladı.
- Dört toplama koşulu (HCD/CID ile DIA/DDA), nicel olarak uyumlu diferansiyel bolluk ölçümleri üretti.
- Çalışma, beş insan hücre çizgisini profilledi ve 7.213 proteinden oluşan paylaşılan bir çekirdek proteomu ölçtü.
Yapay zekâ ile başlık ve abstract'tan üretildi; tam metin okunmaz.
Özet (abstract)
Abstract Proteome-wide abundance profiling entails careful optimization of mass spectrometry acquisition strategies, yet systematic comparisons of acquisition modes and fragmentation types remain limited. Here, we evaluated four distinct data acquisition conditions: data-independent acquisition (DIA) and data-dependent acquisition (DDA), each combined with either higher-energy collisional dissociation (HCD) or collision-induced dissociation (CID). To showcase these strategies, we profiled five human cell lines (HCT116, HEK293T, HeLa, U2OS, and RPE1) in biological triplicate using unfractionated, single-shot injections on a FAIMS-equipped Orbitrap Ascend mass spectrometer. Our results reveal that DIA outperformed DDA in both peptide and protein identification yields across all conditions tested. Within each acquisition mode, HCD provided a modest identification advantage over CID; however, both fragmentation types yielded highly overlapping identifications and equivalent quantitative reproducibility. Furthermore, unsupervised hierarchical clustering and pairwise correlation analyses confirmed that all four conditions generated quantitatively concordant differential abundance measurements. Each data acquisition condition reproduced known cell line-specific protein expression signatures, while quantifying a shared core proteome of 7,213 proteins. Ultimately, these findings support DIA: HCD as the optimal strategy for deep, reproducible proteomics on this platform, while demonstrating that all evaluated acquisition conditions yield consistent quantitative data.
Yazarların özeti; kaynağından alınmıştır. Journal of Proteome Research, 2026 · DOI ↗
Ücretsiz hesapla devam et
Makaleye Sor ile bu makaleye günde 3 soru ücretsiz; makaleyi kaydet, kaynakçasını al, ilgi alanına göre her gün yeni özetler. Çıkarımlar Premium.
Web'de ücretsiz devam etGoogle ya da Apple hesabınla giriş; kart istemez. Bu makaleye geri dönersin.
Telefonda:
Alan: Spektroskopi
SpectroscopyChemistry