Journal of Chemical Information and Modeling· 2026Q1
Ligand Tabanlı De Novo İlaç Tasarımı İçin Farmakofor Koşullu Difüzyon Modeli
Pharmacophore-Conditioned Diffusion Model for Ligand-Based De Novo Drug Design
- 3atıf
- Q1SCImago
- 2026yıl
Kısa özet
Yeni bir difüzyon modeli olan PharmaDiff, önceden tanımlanmış farmakofor hipotezleriyle hassas bir şekilde eşleşen 3B moleküller üreterek mevcut ligand tabanlı yöntemlerden daha iyi performans gösteriyor.
Yapay zekâ ile başlık ve abstract'tan üretildi; tam metin okunmaz.
Ana noktalar
- PharmaDiff, farmakofor hipotezleriyle koşullandırılmış bir 3B molekül üretim modelidir.
- Atom tabanlı 3B farmakofor temsillerini entegre etmek için bir transformatör mimarisi kullanır.
- Model, önceden tanımlanmış farmakofor kısıtlamalarıyla hassas bir şekilde eşleşen 3B moleküler graflar üretir.
- PharmaDiff, 3B farmakoforları eşleştirmede mevcut ligand tabanlı yöntemlerden daha iyi performans gösterir.
- Protein yapılarına ihtiyaç duymadan proteinlere karşı daha yüksek kenetlenme skorları elde eder.
Yapay zekâ ile başlık ve abstract'tan üretildi; tam metin okunmaz.
Özet (abstract)
Abstract Developing bioactive molecules remains a central, time- and cost-heavy challenge in drug discovery, particularly for novel targets lacking structural or functional data. Pharmacophore modeling presents an alternative for capturing the key features required for molecular bioactivity against a biological target. In this work, we present PharmaDiff, a pharmacophore-conditioned diffusion model for 3D molecular generation. PharmaDiff employs a transformer-based architecture to integrate an atom-based representation of the 3D pharmacophore into the generative process, enabling the precise generation of 3D molecular graphs that align with predefined pharmacophore hypotheses. Through comprehensive testing, PharmaDiff demonstrates superior performance in matching 3D pharmacophore constraints compared to ligand-based drug design methods. Additionally, it achieves higher docking scores across a range of proteins in structure-based drug design, without the need for target protein structures. By integrating pharmacophore modeling with 3D generative techniques, PharmaDiff offers a powerful and flexible framework for rational drug design.
Yazarların özeti; kaynağından alınmıştır. Journal of Chemical Information and Modeling, 2026 · DOI ↗
Ücretsiz hesapla devam et
Makaleye Sor ile bu makaleye günde 3 soru ücretsiz; makaleyi kaydet, kaynakçasını al, ilgi alanına göre her gün yeni özetler. Çıkarımlar Premium.
Web'de ücretsiz devam etGoogle ya da Apple hesabınla giriş; kart istemez. Bu makaleye geri dönersin.
Telefonda:
Alan: Hesaplamalı Kuram ve Matematik
Computational Theory and MathematicsComputer Science