Hesaplamalı Kuram ve Matematik makaleleri

Pofolia’nın havuzunda Hesaplamalı Kuram ve Matematik alt dalından 91 makale var (2012–2026), her biri kısa Türkçe özetiyle. Aşağıda en çok atıf alan 20 çalışma, ardından son eklenenler.

Bir bakışta

• En çok atıf alan çalışma: SwissADME: küçük moleküllerin farmakokinetik, ilaç benzerliği ve tıbbi kimya dostluğunu değerlendirmek için ücretsiz bir web aracı (2017, 17.339 atıf).
• Listedeki 20 çalışma toplam 110.694 atıf almış.
• Dergi çeyreği bilinen 13 çalışmanın 13 tanesi Q1 dergide yayımlanmış.
• 12 çalışmanın ücretsiz tam metni var (açık erişim).
• En sık görülen dergiler: Nucleic Acids Research, Cambridge University Press eBooks, Journal of Chemical Information and Modeling.
• Listedeki çalışmalar 2012–2021 arasında yayımlanmış.

En çok atıf alanlar

Sıralama atıf sayısına göre. Atıf zamanla biriktiği için bu liste doğal olarak birkaç yıl önce yayımlanmış çalışmalara ağırlık verir; alanın bugünü için “son eklenenler” bölümüne bak. Sinyaller nasıl okunur?

• SwissADME: küçük moleküllerin farmakokinetik, ilaç benzerliği ve tıbbi kimya dostluğunu değerlendirmek için ücretsiz bir web aracı

  SwissADME: a free web tool to evaluate pharmacokinetics, drug-likeness and medicinal chemistry friendliness of small molecules

  Scientific Reports · 2017 · Q1 · FWCI 340.43 · 17.339 atıf · Açık erişim

  Farmakokinetik ve ilaç benzerliği gibi temel ilaç özelliklerini küçük moleküller için hesaplama modellerini kullanarak hızlı bir şekilde tahmin etmek üzere yeni bir ücretsiz web aracı olan SwissADME geliştirilmiştir.

  Kaynağa git →

• DrugBank 5.0: 2018 Yılı İçin DrugBank Veritabanında Büyük Bir Güncelleme

  DrugBank 5.0: a major update to the DrugBank database for 2018

  Nucleic Acids Research · 2017 · Q1 · SJR 8.00 · FWCI 409.07 · 8.859 atıf · Açık erişim

  Kapsamlı ilaç bilgi veritabanı DrugBank'in önemli bir yükseltmesi olan DrugBank 5.0, birçok alanda içeriğini %100 veya daha fazla genişletmiş olup, ilaç-ilaç etkileşimlerinde yaklaşık %600'lük bir artış sağlamıştır.

  Kaynağa git →

• Hiper-parametre optimizasyonu için rastgele arama

  Random search for hyper-parameter optimization

  2012 · FWCI 113.55 · 7.939 atıf

  Rastgele arama, hiper-parametre optimizasyonu için ampirik ve teorik olarak grid aramadan daha verimlidir ve daha az hesaplama süresinde eşit derecede iyi veya daha iyi modeller bulur.

  Kaynağa git →

• AutoDock Vina 1.2.0: Yeni Yerleştirme Yöntemleri, Genişletilmiş Kuvvet Alanı ve Python Bağlantıları

  AutoDock Vina 1.2.0: New Docking Methods, Expanded Force Field, and Python Bindings

  Journal of Chemical Information and Modeling · 2021 · Q1 · SJR 1.00 · FWCI 405.50 · 6.839 atıf · Açık erişim

  AutoDock Vina 1.2.0 artık makrosiklus ve açık su molekülü modellemesini destekleyerek, diğer AutoDock programlarına kıyasla önceki bir sınırlamayı gidermiştir.

  Kaynağa git →

• Referans Noktası Tabanlı Baskın Olmayan Sıralama Yaklaşımını Kullanan Evrimsel Bir Çok Amaçlı Optimizasyon Algoritması, Bölüm I: Kutu Kısıtlamalı Problemlerin Çözümü

  An Evolutionary Many-Objective Optimization Algorithm Using Reference-Point-Based Nondominated Sorting Approach, Part I: Solving Problems With Box Constraints

  IEEE Transactions on Evolutionary Computation · 2013 · Q1 · SJR 3.00 · FWCI 126.54 · 6.837 atıf

  Çok sayıda amaçlı optimizasyon problemleri (4+ amaçlı) için yeni bir evrimsel algoritma olan NSGA-III önerilmiştir ve 15'e kadar amaçlı test problemlerinde mevcut yöntemlerden daha iyi performans göstermiştir.

  Kaynağa git →

• PubChem Madde ve Bileşik veritabanları

  PubChem Substance and Compound databases

  Nucleic Acids Research · 2015 · Q1 · SJR 8.00 · FWCI 318.36 · 5.504 atıf · Açık erişim

  Kimyasal madde ve biyolojik aktivite verileri için halka açık bir depo olan PubChem, 2004'teki lansmanından bu yana önemli ölçüde büyüyerek artık araştırmacılar için önemli bir kaynak olarak hizmet vermektedir.

  Kaynağa git →

• pkCSM: Grafik Tabanlı İmzalar Kullanarak Küçük Molekül Farmakokinetik ve Toksisite Özelliklerinin Tahmini

  pkCSM: Predicting Small-Molecule Pharmacokinetic and Toxicity Properties Using Graph-Based Signatures

  Journal of Medicinal Chemistry · 2015 · Q1 · SJR 1.00 · FWCI 40.46 · 5.474 atıf · Açık erişim

  Grafik tabanlı imzalar kullanan yeni bir hesaplamalı araç olan pkCSM, mevcut yöntemlere rakip veya onlardan daha iyi performans göstererek temel ilaç farmakokinetik ve toksisite özelliklerini tahmin eder.

  Kaynağa git →

• MM/PBSA ve MM/GBSA yöntemleri ile ligand-bağlanma afinitelerinin tahmini

  The MM/PBSA and MM/GBSA methods to estimate ligand-binding affinities

  Expert Opinion on Drug Discovery · 2015 · Q1 · SJR 1.00 · FWCI 155.50 · 5.329 atıf · Açık erişim

  MM/PBSA ve MM/GBSA yöntemleri, daha basit veya daha karmaşık yöntemlere kıyasla doğruluk ve hesaplama maliyeti arasında bir denge sunarak ligand-bağlanma afinitelerini tahmin etmek için popülerdir.

  Kaynağa git →

• TCMSP: bitkisel ilaçlardan ilaç keşfi için sistemik farmakoloji veritabanı

  TCMSP: a database of systems pharmacology for drug discovery from herbal medicines

  Journal of Cheminformatics · 2014 · Q1 · SJR 1.00 · FWCI 37.39 · 5.064 atıf · Açık erişim

  TCMSP veritabanı, Çin bitkisel ilaçlarından ilaç keşfini sağlamak amacıyla farmakokimya, ADME özellikleri, hedefler ve hastalıkları entegre eder.

  Kaynağa git →

• Değerlendirme: hassasiyetten, hatırlamaya ve F-ölçüsünden ROC'a, bilgililiğe, işaretlenmeye ve korelasyona

  Evaluation: from precision, recall and F-measure to ROC, informedness, markedness and correlation

  arXiv (Cornell University) · 2020 · 4.431 atıf · Açık erişim

  Yaygın olarak kullanılan Hassasiyet, Hatırlama ve F-Ölçüsü gibi değerlendirme metrikleri yanlıdır ve sistem performansını yanlış gösterebilir, daha kötü sistemleri daha iyiymiş gibi gösterebilir.

  Kaynağa git →

• SwissTargetPrediction: küçük moleküllerin protein hedeflerinin verimli tahmini için güncellenmiş veriler ve yeni özellikler

  SwissTargetPrediction: updated data and new features for efficient prediction of protein targets of small molecules

  Nucleic Acids Research · 2019 · Q1 · SJR 8.00 · FWCI 191.43 · 4.306 atıf · Açık erişim

  Güncellenmiş SwissTargetPrediction web aracı, artık 376.342 bileşik ve 3.068 hedef içeren daha büyük bir veritabanı kullanarak küçük molekül protein hedeflerini tahmin ediyor ve en iyi 15 tahminde en az bir doğru insan hedefini belirlemede %70'in üzerinde doğruluk sağlıyor.

  Kaynağa git →

• Matris Analizi

  Matrix Analysis

  Cambridge University Press eBooks · 2012 · FWCI 13.89 · 4.303 atıf

  Bu saygın metnin ikinci baskısı, klasik ve güncel sonuçları kanonik formlar aracılığıyla birleştiren, revize edilmiş ve güncellenmiş bir lineer cebir ve matris teorisi incelemesi sunmaktadır.

  Kaynağa git →

• PubChem 2021'de: yeni veri içeriği ve geliştirilmiş web arayüzleri

  PubChem in 2021: new data content and improved web interfaces

  Nucleic Acids Research · 2020 · Q1 · SJR 8.00 · FWCI 320.72 · 4.014 atıf · Açık erişim

  Büyük bir kimyasal bilgi kaynağı olan PubChem, 100'den fazla yeni kaynağın entegrasyonuyla verilerini önemli ölçüde genişletti ve Periyodik Tablo ve Yol Haritası sayfaları gibi yeni özellikler başlattı.

  Kaynağa git →

• Kişisel İletişim

  Personal Communication

  2014 · FWCI 599.33 · 3.824 atıf

  Görüntü yoğunluğundan açıklığı belirlemek için, bu iki bileşenin farklı uzamsal dağılımlarından yararlanan yeni bir iki boyutlu yöntem sunulmaktadır.

  Kaynağa git →

• Optimal Süreçlerin Matematiksel Teorisi

  Mathematical Theory of Optimal Processes

  2018 · FWCI 55.11 · 3.721 atıf

  Bu cilt, klasik varyasyonel problemlerin ötesine geçen geniş bir problem yelpazesi için evrensel bir çözüm olarak maksimum prensibini tanıtmaktadır.

  Kaynağa git →

• SARS-CoV-2 ana proteazının kristal yapısı, geliştirilmiş α-ketoamid inhibitörlerinin tasarımı için bir temel sağlar

  Crystal structure of SARS-CoV-2 main protease provides a basis for design of improved α-ketoamide inhibitors

  Science · 2020 · Q1 · SJR 10.00 · FWCI 397.80 · 3.442 atıf · Açık erişim

  SARS-CoV-2 ana proteazının (Mpro) kristal yapısı belirlenmiş ve geliştirilmiş bir α-ketoamid inhibitörü ile karmaşık hali ortaya konmuştur. Bu yapısal anlayış, gelişmiş plazma yarı ömrü ve akciğer tropizmi gösteren güçlü Mpro inhibitörlerinin tasarımını mümkün kılar.

  Kaynağa git →

• PubChem 2019 güncellemesi: kimyasal verilere iyileştirilmiş erişim

  PubChem 2019 update: improved access to chemical data

  Nucleic Acids Research · 2018 · Q1 · SJR 8.00 · FWCI 314.26 · 3.406 atıf · Açık erişim

  PubChem, yeni içerik ve geliştirilmiş web ve programatik arayüzlerle kimyasal verilere erişimi artıran önemli güncellemeler yayınladı.

  Kaynağa git →

• ZINC 15 – Herkes İçin Ligand Keşfi

  ZINC 15 – Ligand Discovery for Everyone

  Journal of Chemical Information and Modeling · 2015 · Q1 · SJR 1.00 · FWCI 76.26 · 3.401 atıf

  ZINC 15, artık 120 milyondan fazla satın alınabilir bileşiği içeren ve kimya ile biyoloji arasındaki boşluğu kapatmayı amaçlayan, özel bilişim eğitimi olmayan biyologlar için erişilebilir bir ligand veritabanıdır.

  Kaynağa git →

• Kıyaslar ve Çürütmeler

  Conjectures and Refutations

  MQUP eBooks · 2020 · FWCI 57.75 · 3.391 atıf

  Matematiksel araştırmalarda deneme yanılma yoluyla ortaya atılan varsayımlar (kıyaslar) ve bunların çürütülmesi, sadece kanıtlanamayan teoremler değil, ilerlemenin temel ve rasyonel bir parçasıdır.

  Kaynağa git →

• Düzensiz elektronik sistemler

  Disordered electronic systems

  Cambridge University Press eBooks · 2012 · FWCI 168.48 · 3.271 atıf

  Bu kitap bölümü, yoğun madde fiziği ve malzeme biliminin temel bir konusu olan düzensiz elektronik sistemlerin kapsamlı bir genel bakışını sunmaktadır.

  Kaynağa git →

Son eklenenler

• Regresyon ağaçlarının p değerleri toplamı ile düzenlenmesi

  Regularisation of regression trees by summation of p values

  Computational Statistics · 2026 · Q2

  Düğüm bazlı p değeri toplamını kullanan yeni deterministik, örnek-içi bir yöntem, zaman alan çapraz doğrulamaya alternatif olarak CART regresyon ağaçlarının büyümesini durdurmak için sunulmuştur.

  Kaynağa git →

• Dizi Damıtma ve Çok Modlu Füzyon ile Etkinleştirilen Ölçeklenebilir Moleküler Temsiller

  Scalable molecular representations enabled by multimodal fusion and sequence distillation

  Nature Communications · 2026 · Q1 · SJR 4.00

  Yeni bir 'Kimyasal Zar Entegratörü', altı moleküler görünümü tek bir gizli alanda birleştirir ve moleküler dizelerden doğrudan gömme için dizi tabanlı bir modele damıtılarak, klasik füzyon ve yerleşik tanımlayıcılardan daha iyi performans gösterir.

  Kaynağa git →

• Sınıf I HDAC inhibitörlerinin pan-kanser transkriptomik tersine çevrilmesi için sızıntı-farkındalığı olan ve denetlenebilir bir çerçeve önceliklendiriyor

  A leakage-aware and auditable framework prioritizes class I HDAC inhibitors for pan-cancer transcriptomic reversal

  BMC Bioinformatics · 2026 · Q1 · SJR 1.00

  Geleneksel bir parmak izi MLP karşılaştırıcısı, pan-kanser HDAC inhibitörleri için transkriptomik tersine çevirmeyi tahmin etmede çift akışlı atom-token/parmak izi modelinden daha iyi performans gösterdi; imzalı wTRS, sınıf I HDAC'ları zenginleştirdi (4.62-30.6 kat zenginleşme, FDR < 10^-4).

  Kaynağa git →

• Üçgensiz 2-Eşleştirme İçin Bir PTAS

  A PTAS for triangle-free 2-matching

  Mathematical Programming · 2026 · Q1 · SJR 2.00

  Üçgensiz 2-Eşleştirme problemi için, optimuma yakın çözümler elde eden yeni ve daha basit bir Polinomsal Zaman Yaklaşım Şeması (PTAS) sunulmaktadır.

  Kaynağa git →

• Küme-Çoklineer Dallanma Programları İçin Alt Sınırlar

  Lower Bounds for Set-Multilinear Branching Programs

  SIAM Journal on Computing · 2026 · Q1 · Açık erişim

  Araştırmacılar, düşük dereceli polinomlar için sıralı küme-çoklineer cebirsel dallanma programları (ABP'ler) toplamları için süper-polinomsal alt sınırlar kanıtladı; bu, düşük dereceli rejimdeki ilk böyle sınırdır ve Nisan'ın çalışmasını genelleştirir.

  Kaynağa git →

• Binom rastgele grafların çoklu küme metrik boyutu

  Multiset metric dimension of binomial random graphs

  Discrete Applied Mathematics · 2026 · Q2

  Sabit bir x \in (0,1) için (n-1)p = \Theta(n^x) koşulunu sağlayan binom rastgele graflar G(n, p) için çoklu küme metrik boyutuna ilişkin sınırlar belirledik.

  Kaynağa git →

• Sanal Biyoteknoloji: Terapötik keşif ve geliştirme için çoklu ajanlı bir yapay zeka çerçevesi

  The Virtual Biotech: A multi-agent AI framework for therapeutic discovery and development

  Science · 2026 · Q1 · SJR 10.00 · FWCI 5.02 · 1 atıf

  Bir ilaç geliştirme şirketini taklit eden çoklu ajanlı bir yapay zeka çerçevesi olan 'Sanal Biyoteknoloji', 55.984 deneme analiziyle, hücre tipi özgü genleri hedefleyen ilaçların pazara ulaşma olasılığının %48 daha fazla ve yan etkilerinin %32 daha az olduğunu buldu.

  Kaynağa git →

• Uzun pençeler içermeyen seyrek graflarda Maksimum Ağırlıklı Bağımsız Küme

  Max Weight Independent Set in sparse graphs with no long claws

  ACM Transactions on Algorithms · 2026 · Q1 · 1 atıf · Açık erişim

  Belirli yapıları dışlayan graflarda Maksimum Ağırlıklı Bağımsız Küme (MWIS) problemi için polinom zamanlı bir algoritma sunulmuştur: yollar ve alt bölümlenmiş pençelerden oluşan sabit bir orman ve ayrıca bir alt graf olarak sabit bir biklik.

  Kaynağa git →

Bu alanın dergileri

Bu alandaki makaleleri en çok yayımlayan dergiler. Dilim (Q1–Q4), SJR ve h-index SCImago Journal Rank’tan; “bu alanda” sütunu derginin havuzdaki bu alana ait makale sayısı. Q1 dergi nedir? · h-index nedir?

Hesaplamalı Kuram ve Matematik alanındaki tüm dergiler (Q1–Q4) →

Bilgisayar Bilimi anadalındaki diğer alanlar

• Bilgisayar Ağları ve İletişim
• Bilgisayar Bilimi Uygulamaları
• Bilgisayar Grafikleri ve Bilgisayar Destekli Tasarım
• Bilgisayarlı Görü ve Örüntü Tanıma
• Bilişim Sistemleri
• Donanım ve Mimari
• İnsan-Bilgisayar Etkileşimi
• Sinyal İşleme
• Yapay Zeka
• Yazılım

Bilgisayar Bilimi anadalının tüm alt alanları →

← Tüm alanlar