SoftwareX· 2015Q2
GROMACS: Dizüstü bilgisayarlardan süper bilgisayarlara çok seviyeli paralellik yoluyla yüksek performanslı moleküler simülasyonlar
GROMACS: High performance molecular simulations through multi-level parallelism from laptops to supercomputers
- 27.148atıf
- Q2SCImago
- 2015yıl
Kısa özet
GROMACS sürüm 5, SIMD, çoklu iş parçacığı, CPU-GPU hızlandırma, etki alanı ayrıştırma ve topluluk düzeyinde paralellik arasında çok seviyeli paralelleştirme algoritmaları uygulayarak moleküler simülasyonlarda yeni performans zirvelerine ulaşıyor.
Yapay zekâ ile başlık ve abstract'tan üretildi; tam metin okunmaz.
Ana noktalar
- GROMACS sürüm 5, SIMD, çoklu iş parçacığı ve CPU-GPU hızlandırması arasında gelişmiş paralelleştirme sunuyor.
- En yeni 3D etki alanı ayrıştırma ve topluluk düzeyinde paralelleştirme (replika değişimi, Copernicus) entegre edilmiştir.
- Yazılım, zengin hesaplama türleri ve gelişmiş serbest-enerji hesaplamalarını destekler.
- Verimli veri işleme için en yeni sıkıştırılmış yörünge depolama formatını içerir.
Yapay zekâ ile başlık ve abstract'tan üretildi; tam metin okunmaz.
Özet (abstract)
GROMACS is one of the most widely used open-source and free software codes in chemistry, used primarily for dynamical simulations of biomolecules. It provides a rich set of calculation types, preparation and analysis tools. Several advanced techniques for free-energy calculations are supported. In version 5, it reaches new performance heights, through several new and enhanced parallelization algorithms. These work on every level; SIMD registers inside cores, multithreading, heterogeneous CPU–GPU acceleration, state-of-the-art 3D domain decomposition, and ensemble-level parallelization through built-in replica exchange and the separate Copernicus framework. The latest best-in-class compressed trajectory storage format is supported.
Yazarların özeti; kaynağından alınmıştır. SoftwareX, 2015 · DOI ↗
Ücretsiz hesapla devam et
Makaleye Sor ile bu makaleye günde 3 soru ücretsiz; makaleyi kaydet, kaynakçasını al, ilgi alanına göre her gün yeni özetler. Çıkarımlar Premium.
Web'de ücretsiz devam etGoogle ya da Apple hesabınla giriş; kart istemez. Bu makaleye geri dönersin.
Telefonda:
Alan: Spektroskopi
SpectroscopyChemistry