Journal of Medicinal Chemistry· 2012Q1
Kullanışlı Sahte Molekül Dizini, Geliştirilmiş (DUD-E): Daha İyi Kıyaslama İçin Daha İyi Ligandlar ve Sahte Moleküller
Directory of Useful Decoys, Enhanced (DUD-E): Better Ligands and Decoys for Better Benchmarking
- 2.430atıf
- Q1SCImago
- 2012yıl
Kısa özet
Kullanışlı Sahte Molekül Dizini, Geliştirilmiş (DUD-E), 102 çeşitli protein hedefi ve ChEMBL'den 22.886 kümelenmiş ligand içeren ve her biri ZINC'ten 50 özellik eşleşmeli sahte molekül barındıran geliştirilmiş bir moleküler kenetleme kıyaslama seti sunar.
Yapay zekâ ile başlık ve abstract'tan üretildi; tam metin okunmaz.
Ana noktalar
- DUD-E, 102 çeşitli protein hedefi ile moleküler kenetleme için geliştirilmiş bir kıyaslama seti sunar.
- Set, ChEMBL'den 22.886 kümelenmiş ligand ve ZINC'ten özellik eşleşmeli 50 sahte molekül içerir.
- Sahte molekül seçimi, net yükü ve ligandlardan topolojik farklılığı dikkate alır.
- Kullanıcı tarafından sağlanan ligandlar için eşleşmiş sahte molekül setleri üreten otomatik bir çevrimiçi araç mevcuttur.
- DUD-E, DOCK 3.6'daki ligand çözünme ve elektrostatik dengeyi iyileştirmek için kullanılmıştır.
Yapay zekâ ile başlık ve abstract'tan üretildi; tam metin okunmaz.
Özet (abstract)
A key metric to assess molecular docking remains ligand enrichment against challenging decoys. Whereas the directory of useful decoys (DUD) has been widely used, clear areas for optimization have emerged. Here we describe an improved benchmarking set that includes more diverse targets such as GPCRs and ion channels, totaling 102 proteins with 22886 clustered ligands drawn from ChEMBL, each with 50 property-matched decoys drawn from ZINC. To ensure chemotype diversity, we cluster each target's ligands by their Bemis-Murcko atomic frameworks. We add net charge to the matched physicochemical properties and include only the most dissimilar decoys, by topology, from the ligands. An online automated tool (http://decoys.docking.org) generates these improved matched decoys for user-supplied ligands. We test this data set by docking all 102 targets, using the results to improve the balance between ligand desolvation and electrostatics in DOCK 3.6. The complete DUD-E benchmarking set is freely available at http://dude.docking.org.
Yazarların özeti; kaynağından alınmıştır. Journal of Medicinal Chemistry, 2012 · DOI ↗
Ücretsiz hesapla devam et
Makaleye Sor ile bu makaleye günde 3 soru ücretsiz; makaleyi kaydet, kaynakçasını al, ilgi alanına göre her gün yeni özetler. Çıkarımlar Premium.
Web'de ücretsiz devam etGoogle ya da Apple hesabınla giriş; kart istemez. Bu makaleye geri dönersin.
Telefonda:
Alan: Hesaplamalı Kuram ve Matematik
Computational Theory and MathematicsComputer Science