PofoliaPofolia ile paylaşıldı

Acta Crystallographica Section D Biological Crystallography· 2012

Otomatik kristalografik yapı iyileştirmeye doğru <i>phenix.refine</i> ile

Towards automated crystallographic structure refinement with <i>phenix.refine</i>

Pavel V. Afonine, Ralf W. Grosse‐Kunstleve, Nathaniel Echols, Jeffrey J. Headd ve diğerleri

Kısa özet

phenix.refine programı, model oluşturma, doğrulama ve saklama için daha geniş PHENIX paketine entegre olarak, kristalografik yapı iyileştirmesi için kapsamlı otomasyon ve özelleştirme sunar.

Yapay zekâ ile başlık ve abstract'tan üretildi; tam metin okunmaz.

Ana noktalar

  • Geniş bir çözünürlük limiti ve model parametrelendirme aralığını destekler.
  • Kapsamlı özelleştirme ve kullanıcı tanımlı stratejiler için yüzlerce parametre sunar.
  • Acemi ve ileri düzey kullanıcılar için sezgisel bir grafik kullanıcı arayüzü içerir.
  • X-ışını veya nötron kırınım verilerini ayrı ayrı veya birlikte entegre eder.
  • PHENIX paketi içinde otomatik model oluşturma, iyileştirme, doğrulama ve saklama işlemlerinde kritik bir bileşen olarak hizmet eder.

Yapay zekâ ile başlık ve abstract'tan üretildi; tam metin okunmaz.

Özet (abstract)

phenix.refine is a program within the PHENIX package that supports crystallographic structure refinement against experimental data with a wide range of upper resolution limits using a large repertoire of model parameterizations. It has several automation features and is also highly flexible. Several hundred parameters enable extensive customizations for complex use cases. Multiple user-defined refinement strategies can be applied to specific parts of the model in a single refinement run. An intuitive graphical user interface is available to guide novice users and to assist advanced users in managing refinement projects. X-ray or neutron diffraction data can be used separately or jointly in refinement. phenix.refine is tightly integrated into the PHENIX suite, where it serves as a critical component in automated model building, final structure refinement, structure validation and deposition to the wwPDB. This paper presents an overview of the major phenix.refine features, with extensive literature references for readers interested in more detailed discussions of the methods.

Yazarların özeti; kaynağından alınmıştır. Acta Crystallographica Section D Biological Crystallography, 2012 · DOI ↗

ÇıkarımlarPremium
Makaleye SorÜcretsiz hesapla

Ücretsiz hesapla devam et

Makaleye Sor ile bu makaleye günde 3 soru ücretsiz; makaleyi kaydet, kaynakçasını al, ilgi alanına göre her gün yeni özetler. Çıkarımlar Premium.

Web'de ücretsiz devam et

Google ya da Apple hesabınla giriş; kart istemez. Bu makaleye geri dönersin.

Telefonda:

Alan: Malzeme Kimyası

Materials ChemistryMaterials Science