Nucleic Acids Research· 2019Q1
antiSMASH 5.0: İkincil Metabolit Genom Madenciliği İşlem Hattına Güncellemeler
antiSMASH 5.0: updates to the secondary metabolite genome mining pipeline
- 3.133atıf
- Q1SCImago
- 2019yıl
Kısa özet
Bakteriyel ve mantar ikincil metabolitlerini tanımlamak için yaygın olarak kullanılan antiSMASH 5.0 işlem hattı, çeşitli ikincil metabolitler için yeni tespit kuralları ve geliştirilmiş analiz hızı ile önemli ölçüde güncellenmiştir.
Yapay zekâ ile başlık ve abstract'tan üretildi; tam metin okunmaz.
Ana noktalar
- antiSMASH 5.0, asil-amino asitler, β-laktonlar, mantar RiPP'leri, RaS-RiPP'leri, polibromlu difenil eterler, C-nükleozitler, PPY benzeri ketonlar ve lipolantinler için tespit kuralları ekler.
- Tip II poliketid sentaz gen kümeleri için iyileştirilmiş tahmin detayı.
- Analiz çalışma süresi önemli ölçüde daha hızlıdır, bu da bakteriyel genom anotasyonlarının dakikalar içinde yapılmasını sağlar.
- Yeni JSON çıktı formatı, sonuçların programatik olarak işlenmesini kolaylaştırır.
Yapay zekâ ile başlık ve abstract'tan üretildi; tam metin okunmaz.
Özet (abstract)
Secondary metabolites produced by bacteria and fungi are an important source of antimicrobials and other bioactive compounds. In recent years, genome mining has seen broad applications in identifying and characterizing new compounds as well as in metabolic engineering. Since 2011, the 'antibiotics and secondary metabolite analysis shell-antiSMASH' (https://antismash.secondarymetabolites.org) has assisted researchers in this, both as a web server and a standalone tool. It has established itself as the most widely used tool for identifying and analysing biosynthetic gene clusters (BGCs) in bacterial and fungal genome sequences. Here, we present an entirely redesigned and extended version 5 of antiSMASH. antiSMASH 5 adds detection rules for clusters encoding the biosynthesis of acyl-amino acids, β-lactones, fungal RiPPs, RaS-RiPPs, polybrominated diphenyl ethers, C-nucleosides, PPY-like ketones and lipolanthines. For type II polyketide synthase-encoding gene clusters, antiSMASH 5 now offers more detailed predictions. The HTML output visualization has been redesigned to improve the navigation and visual representation of annotations. We have again improved the runtime of analysis steps, making it possible to deliver comprehensive annotations for bacterial genomes within a few minutes. A new output file in the standard JavaScript object notation (JSON) format is aimed at downstream tools that process antiSMASH results programmatically.
Yazarların özeti; kaynağından alınmıştır. Nucleic Acids Research, 2019 · DOI ↗
Ücretsiz hesapla devam et
Makaleye Sor ile bu makaleye günde 3 soru ücretsiz; makaleyi kaydet, kaynakçasını al, ilgi alanına göre her gün yeni özetler. Çıkarımlar Premium.
Web'de ücretsiz devam etGoogle ya da Apple hesabınla giriş; kart istemez. Bu makaleye geri dönersin.
Telefonda:
Alan: Farmakoloji (Tıp)
PharmacologyMedicine