Royal Society Open Science· 2026Q1
Pnömönide Patojen ve Antimikrobiyal Direnç Tahmini İçin Yeni Nesil Dizileme ve Konvansiyonel Mikrobiyolojinin Uyumu
Concordance of next-generation sequencing and conventional microbiology for pathogen detection and antimicrobial resistance prediction in pneumonia
- 0atıf
- Q1SCImago
- 2026yıl
Kısa özet
Ticari bir Yeni Nesil Dizileme (NGS) paneli, pnömoni hastalarında konvansiyonel mikrobiyolojiye (KM) kıyasla daha fazla organizma (ortalama 2.42'ye karşı 1.04) ve kültürlenemeyen takson tespit etti, ancak patojen tespiti için %54.0 uyum ve antimikrobiyal direnç (AMR) tahmini için düşük (%41.2) hassasiyet gösterdi.
Yapay zekâ ile başlık ve abstract'tan üretildi; tam metin okunmaz.
Ana noktalar
- NGS, pnömoni hastalarında konvansiyonel mikrobiyolojiye (KM) göre örnek başına daha fazla organizma (ortalama 2.42) tespit etti (KM ortalaması 1.04).
- NGS, KM tarafından tespit edilemeyen kültürlenemeyen taksonları tanımladı.
- Patojen tespiti için NGS ve KM arasındaki uyum %54.0 (%95 GA 40.4–67.0) olarak bulundu.
- NGS'nin antimikrobiyal direnç (AMR) fenotiplerini tahmin etmedeki hassasiyeti %41.2 (%95 GA 35.3–47.3) gibi düşük bir seviyede kaldı.
Yapay zekâ ile başlık ve abstract'tan üretildi; tam metin okunmaz.
Özet (abstract)
Abstract Delays in pathogen and antimicrobial resistance (AMR) profiling adversely affect patient outcomes. Next-generation sequencing (NGS) may complement conventional microbiology (CM), yet real-world value of NGS in pneumonia diagnosis remains unclear. We quantified concordance between a commercial NGS panel and CM for pathogen detection and genotypic AMR prediction in 48 pneumonia inpatients with culture-confirmed infections. Archived sputum was analysed using the Ion AmpliSeq Pan-Bacterial targeted panel with 16S rRNA profiling. CM comprised culture, matrix-assisted laser desorption/ionization time-of-flight (MALDI-TOF) identification and disc-diffusion antibiotic susceptibility testing. NGS recovered 27/50 pathogens detected by CM (54.0%, 95% CI 40.4–67.0), with more organisms per sample than CM (mean 2.42 versus 1.04), including uncultured taxa, indicating broader detection. AMR sensitivity of NGS was low (41.2%, 105/255; 95% CI 35.3–47.3; ranging from 1.1% for fluoroquinolones to 100% for cephamycins/lincosamides/tetracyclines) and remained low (37.6–69.8%) across alternative read and abundance cut-offs. Overall, the commercial NGS panel expanded pathogen detection beyond culture but showed only moderate concordance with CM and limited sensitivity for AMR phenotypes; it is therefore best regarded as an adjunct to CM and phenotypic susceptibility testing in pneumonia, not a replacement.
Yazarların özeti; kaynağından alınmıştır. Royal Society Open Science, 2026 · DOI ↗
Ücretsiz hesapla devam et
Makaleye Sor ile bu makaleye günde 3 soru ücretsiz; makaleyi kaydet, kaynakçasını al, ilgi alanına göre her gün yeni özetler. Çıkarımlar Premium.
Web'de ücretsiz devam etGoogle ya da Apple hesabınla giriş; kart istemez. Bu makaleye geri dönersin.
Telefonda:
Alan: Klinik Biyokimya
Clinical BiochemistryBiochemistry, Genetics and Molecular Biology