Archives of Toxicology· 2026Q1
Sistemik olarak hedeflere etiketlenmiş referans kimyasallar kullanılarak böbrek proksimal tübül epitel hücrelerinde mekanizma tabanlı tehlike değerlendirmesi için transkriptomik ve fenotipik biyolojik profillemenin sistematik değerlendirmesi
Systematic assessment of transcriptomic and phenotypic biological profiling for mechanism-based hazard assessment using target-annotated reference chemicals in renal proximal tubular epithelial cells
- 2atıf
- Q1SCImago
- 2026yıl
Kısa özet
Böbrek proksimal tübül hücrelerinde 142 referans kimyasal kullanılarak yüksek verimli transkriptomik (HTTr) ve Hücre Boyama PLUS (CPP) biyoaktivite profillerinin hedefle ilgili biyolojik sinyalleri kurtarma yetenekleri değerlendirildi. HTTr, hücrelerde en yüksek oranda ifade edilen hedefler ve aynı yolda etki eden kimyasallar için güçlü gen ağı aktivitesi korelasyonu göstererek, etki modu çıkarımı için daha yüksek mekanistik çözünürlük sundu.
Yapay zekâ ile başlık ve abstract'tan üretildi; tam metin okunmaz.
Ana noktalar
- RPTEC/TERT1 hücrelerinde HTTr ve CPP biyoaktivite profillerini değerlendirmek için bilinen hedeflere sahip 142 referans kimyasal kullanıldı.
- HTTr, böbrek proksimal tübül hücrelerinde en yüksek oranda ifade edilen hedefler için en belirgin aktiviteyi gösterdi.
- Aktif kimyasal çiftleri ve aynı yolda etki eden kimyasallar (örn. EGFR/MEK, PI3K/AKT/mTOR) için güçlü gen ağı aktivitesi korelasyonu gözlemlendi.
- CPP genellikle organel düzeyinde yüksek hassasiyet sağladı ancak kimyasal gruplama için sınırlı mekanistik içgörü sundu.
- Yüksek verimli biyoaktivite taramasında etki modu çıkarımı için HTTr, CPP'ye göre daha yüksek mekanistik çözünürlük sunmaktadır.
Yapay zekâ ile başlık ve abstract'tan üretildi; tam metin okunmaz.
Özet (abstract)
Integrating high-throughput in vitro data into next-generation risk assessment (NGRA) workflows requires screening strategies that yield quantitative potency estimates and mechanistically interpretable biological signals. Transcriptomic and morphological profiling are increasingly adopted for early-stage hazard identification by enabling triage of substances for resource-intensive follow-up and prioritizing candidates most likely to present meaningful risk. In this study, we aimed to characterize biological concordance and uncertainty by quantifying how well high-throughput transcriptomics (HTTr) and Cell Painting PLUS (CPP) bioactivity profiles recover target-relevant biological signals in immortalized human renal proximal tubule epithelial RPTEC/TERT1 cells using 313 reference chemicals with high-confidence target annotations. Through quality control procedures and biological activity filters we yielded 142 reference chemicals spanning 66 different targets, which were systematically evaluated for biological concentration-responses by HTTr and CPP. HTTr was evaluated using TXG-MAPr-based qualitative and quantitative gene network activity analysis. HTTr showed the most prominent activity for targets that were highest expressed in RPTEC/TERT1 cells. Active chemical-pairs showed strong gene network activity correlation albeit with different potencies. Similarly, the highest transcriptomic concordance was observed for reference chemicals acting in the same pathway, such as EGFR/MEK or PI3K/AKT/mTOR. CPP often showed high sensitivity primarily at the organelle level providing limited mechanistic insight for chemical grouping. Collectively, the results support HTTr and CPP as complementary early-tier assays within an in vitro weight-of-evidence safety testing framework. Although CPP is suitable as a cost-effective screening modality, HTTr offers higher mechanistic resolution for mode-of-action inference in high-throughput bioactivity screening and therefore remains necessary for high-confidence mechanistic interpretation.
Yazarların özeti; kaynağından alınmıştır. Archives of Toxicology, 2026 · DOI ↗
Ücretsiz hesapla devam et
Makaleye Sor ile bu makaleye günde 3 soru ücretsiz; makaleyi kaydet, kaynakçasını al, ilgi alanına göre her gün yeni özetler. Çıkarımlar Premium.
Web'de ücretsiz devam etGoogle ya da Apple hesabınla giriş; kart istemez. Bu makaleye geri dönersin.
Telefonda:
Drug DiscoveryPharmacology, Toxicology and Pharmaceutics