Nucleic Acids Research· 2015Q1
PLIP: Tam Otomatik Protein-Ligand Etkileşim Profilleyici
PLIP: fully automated protein–ligand interaction profiler
- 2.321atıf
- Q1SCImago
- 2015yıl
Kısa özet
PLIP, protein-ligand komplekslerindeki yedi tür kovalent olmayan etkileşimi, yapı hazırlığı gerektirmeden otomatik olarak algılayan ve görselleştiren yeni, ücretsiz bir web hizmetidir.
Yapay zekâ ile başlık ve abstract'tan üretildi; tam metin okunmaz.
Ana noktalar
- PLIP, protein-ligand etkileşim analizi için yeni, tam otomatik bir web hizmetidir.
- Atomik düzeyde yedi tür kovalent olmayan etkileşimi (hidrojen bağları, hidrofobik, pi-istifleme, pi-katyon, tuz köprüleri, su köprüleri, halojen bağları) algılar.
- Yapı hazırlığı gerektirmez, bu da süreci basitleştirir.
- PLIP, yayınlanmaya hazır görseller, PyMOL oturum dosyaları ve ayrıştırılabilir çıktı dosyaları sunar.
- Yüksek verimli profilleme için komut satırı modu içerir ve kaynak kodu mevcuttur.
Yapay zekâ ile başlık ve abstract'tan üretildi; tam metin okunmaz.
Özet (abstract)
The characterization of interactions in protein-ligand complexes is essential for research in structural bioinformatics, drug discovery and biology. However, comprehensive tools are not freely available to the research community. Here, we present the protein-ligand interaction profiler (PLIP), a novel web service for fully automated detection and visualization of relevant non-covalent protein-ligand contacts in 3D structures, freely available at projects.biotec.tu-dresden.de/plip-web. The input is either a Protein Data Bank structure, a protein or ligand name, or a custom protein-ligand complex (e.g. from docking). In contrast to other tools, the rule-based PLIP algorithm does not require any structure preparation. It returns a list of detected interactions on single atom level, covering seven interaction types (hydrogen bonds, hydrophobic contacts, pi-stacking, pi-cation interactions, salt bridges, water bridges and halogen bonds). PLIP stands out by offering publication-ready images, PyMOL session files to generate custom images and parsable result files to facilitate successive data processing. The full python source code is available for download on the website. PLIP's command-line mode allows for high-throughput interaction profiling.
Yazarların özeti; kaynağından alınmıştır. Nucleic Acids Research, 2015 · DOI ↗
Ücretsiz hesapla devam et
Makaleye Sor ile bu makaleye günde 3 soru ücretsiz; makaleyi kaydet, kaynakçasını al, ilgi alanına göre her gün yeni özetler. Çıkarımlar Premium.
Web'de ücretsiz devam etGoogle ya da Apple hesabınla giriş; kart istemez. Bu makaleye geri dönersin.
Telefonda:
Alan: Hesaplamalı Kuram ve Matematik
Computational Theory and MathematicsComputer Science