Nucleic Acids Research· 2022Q1
CB-Dock2: Geliştirilmiş Protein-Ligand Kör Kenetleme
CB-Dock2: improved protein–ligand blind docking by integrating cavity detection, docking and homologous template fitting
- 1.855atıf
- Q1SCImago
- 2022yıl
Kısa özet
Kavite tespiti, kenetleme ve homolog şablon uydurmayı entegre eden yeni bir kör kenetleme sunucusu olan CB-Dock2, bağlanma pozu tahmininde yaklaşık %85 başarı oranı (RMSD < 2.0 Å) elde ederek selefini ve diğer popüler araçları geride bırakmıştır.
Yapay zekâ ile başlık ve abstract'tan üretildi; tam metin okunmaz.
Ana noktalar
- CB-Dock2, geliştirilmiş kör kenetleme için kavite tespiti, kenetleme ve homolog şablon uydurmayı entegre eder.
- Kıyaslama testlerinde bağlanma pozu tahmininde yaklaşık %85 başarı oranı (RMSD < 2.0 Å) elde etmiştir.
- Doğruluk açısından orijinal CB-Dock ve en popüler kör kenetleme araçlarından daha iyi performans gösterir.
- Kullanım kolaylığı için yeniden yapılandırılmış web arayüzlerine sahip, yüksek oranda otomatik bir işlem hattı içerir.
Yapay zekâ ile başlık ve abstract'tan üretildi; tam metin okunmaz.
Özet (abstract)
Protein-ligand blind docking is a powerful method for exploring the binding sites of receptors and the corresponding binding poses of ligands. It has seen wide applications in pharmaceutical and biological researches. Previously, we proposed a blind docking server, CB-Dock, which has been under heavy use (over 200 submissions per day) by researchers worldwide since 2019. Here, we substantially improved the docking method by combining CB-Dock with our template-based docking engine to enhance the accuracy in binding site identification and binding pose prediction. In the benchmark tests, it yielded the success rate of ∼85% for binding pose prediction (RMSD < 2.0 Å), which outperformed original CB-Dock and most popular blind docking tools. This updated docking server, named CB-Dock2, reconfigured the input and output web interfaces, together with a highly automatic docking pipeline, making it a particularly efficient and easy-to-use tool for the bioinformatics and cheminformatics communities. The web server is freely available at https://cadd.labshare.cn/cb-dock2/.
Yazarların özeti; kaynağından alınmıştır. Nucleic Acids Research, 2022 · DOI ↗
Ücretsiz hesapla devam et
Makaleye Sor ile bu makaleye günde 3 soru ücretsiz; makaleyi kaydet, kaynakçasını al, ilgi alanına göre her gün yeni özetler. Çıkarımlar Premium.
Web'de ücretsiz devam etGoogle ya da Apple hesabınla giriş; kart istemez. Bu makaleye geri dönersin.
Telefonda:
Alan: Hesaplamalı Kuram ve Matematik
Computational Theory and MathematicsComputer Science