Bioinformatics· 2018Q1
fastp: ultra hızlı hepsi bir arada FASTQ ön işlemcisi
fastp: an ultra-fast all-in-one FASTQ preprocessor
- 30.201atıf
- Q1SCImago
- 2018yıl
Kısa özet
FASTQ dosyaları için kalite kontrolü ve ön işlemeyi tek bir taramada entegre eden, C++ tabanlı yeni bir araç olan fastp geliştirildi.
Yapay zekâ ile başlık ve abstract'tan üretildi; tam metin okunmaz.
Ana noktalar
- fastp, kalite kontrolü, adaptör temizleme ve filtrelemeyi tek bir FASTQ veri taramasında birleştirir.
- Geliştirilmiş hız için C++'da çoklu iş parçacığı desteği ile geliştirilmiştir.
- Trimmomatic ve Cutadapt gibi araçlara kıyasla 2-5 kat daha hızlı performans elde eder.
- Veriyi yalnızca bir kez okuyarak G/Ç verimsizliğini azaltır.
Yapay zekâ ile başlık ve abstract'tan üretildi; tam metin okunmaz.
Özet (abstract)
Motivation: Quality control and preprocessing of FASTQ files are essential to providing clean data for downstream analysis. Traditionally, a different tool is used for each operation, such as quality control, adapter trimming and quality filtering. These tools are often insufficiently fast as most are developed using high-level programming languages (e.g. Python and Java) and provide limited multi-threading support. Reading and loading data multiple times also renders preprocessing slow and I/O inefficient. Results: We developed fastp as an ultra-fast FASTQ preprocessor with useful quality control and data-filtering features. It can perform quality control, adapter trimming, quality filtering, per-read quality pruning and many other operations with a single scan of the FASTQ data. This tool is developed in C++ and has multi-threading support. Based on our evaluation, fastp is 2-5 times faster than other FASTQ preprocessing tools such as Trimmomatic or Cutadapt despite performing far more operations than similar tools. Availability and implementation: The open-source code and corresponding instructions are available at https://github.com/OpenGene/fastp.
Yazarların özeti; kaynağından alınmıştır. Bioinformatics, 2018 · DOI ↗
Ücretsiz hesapla devam et
Makaleye Sor ile bu makaleye günde 3 soru ücretsiz; makaleyi kaydet, kaynakçasını al, ilgi alanına göre her gün yeni özetler. Çıkarımlar Premium.
Web'de ücretsiz devam etGoogle ya da Apple hesabınla giriş; kart istemez. Bu makaleye geri dönersin.
Telefonda:
Alan: Donanım ve Mimari
Hardware and ArchitectureComputer Science