Acta Crystallographica Section D Structural Biology· 2018Q1
PHENIX'te cryo-EM ve kristalografi için gerçek uzay rafine etme
Real-space refinement in <i>PHENIX</i> for cryo-EM and crystallography
- 3.739atıf
- Q1SCImago
- 2018yıl
Kısa özet
PHENIX paketine, basitleştirilmiş bir hedef fonksiyon ve çeşitli kısıtlamalar kullanarak düşük çözünürlüklü cryo-EM ve kristalografi verilerine karşı atom modellerini hızla rafine eden phenix.real_space_refine programı eklenmiştir.
Yapay zekâ ile başlık ve abstract'tan üretildi; tam metin okunmaz.
Ana noktalar
- PHENIX artık hızlı atom modeli rafine etme için phenix.real_space_refine sunmaktadır.
- Basitleştirilmiş bir hedef fonksiyon, hızlı hesaplamalara ve optimum veri-kısıtlama ağırlıklarının belirlenmesine olanak tanır.
- Program, kovalent geometri, ikincil yapı, rotamerler ve moleküler simetri gibi çeşitli kısıtlamaları içerir.
- Düşük çözünürlüklü (≤ 6 Å) verilere karşı rafine etme, modelde önemli iyileşmeler ve harita uyumunda artış göstermektedir.
Yapay zekâ ile başlık ve abstract'tan üretildi; tam metin okunmaz.
Özet (abstract)
This article describes the implementation of real-space refinement in the phenix.real_space_refine program from the PHENIX suite. The use of a simplified refinement target function enables very fast calculation, which in turn makes it possible to identify optimal data-restraint weights as part of routine refinements with little runtime cost. Refinement of atomic models against low-resolution data benefits from the inclusion of as much additional information as is available. In addition to standard restraints on covalent geometry, phenix.real_space_refine makes use of extra information such as secondary-structure and rotamer-specific restraints, as well as restraints or constraints on internal molecular symmetry. The re-refinement of 385 cryo-EM-derived models available in the Protein Data Bank at resolutions of 6 Å or better shows significant improvement of the models and of the fit of these models to the target maps.
Yazarların özeti; kaynağından alınmıştır. Acta Crystallographica Section D Structural Biology, 2018 · DOI ↗
Ücretsiz hesapla devam et
Makaleye Sor ile bu makaleye günde 3 soru ücretsiz; makaleyi kaydet, kaynakçasını al, ilgi alanına göre her gün yeni özetler. Çıkarımlar Premium.
Web'de ücretsiz devam etGoogle ya da Apple hesabınla giriş; kart istemez. Bu makaleye geri dönersin.
Telefonda:
Alan: Malzeme Kimyası
Materials ChemistryMaterials Science