Journal of Proteome Research· 2026Q1
Manchester Proteome Profiler: Kantitatif Proteomik Analiz İçin Kullanıcı Dostu Bir Platform
Manchester Proteome Profiler: A User-Friendly Platform for Quantitative Proteomic Analysis
- 0atıf
- Q1SCImago
- 2026yıl
Kısa özet
Manchester Proteome Profiler (MPP), kantitatif proteomik verilerin analizini basitleştiren, filtreleme, normalizasyon, atıf ve diferansiyel ifade analizini entegre eden yeni, açık kaynaklı bir R Shiny uygulamasıdır.
Yapay zekâ ile başlık ve abstract'tan üretildi; tam metin okunmaz.
Ana noktalar
- MPP, kantitatif proteomik veri analizi için açık kaynaklı bir R Shiny uygulamasıdır.
- Filtreleme, normalizasyon, atıf, diferansiyel ifade ve kümeleme gibi birden çok analiz adımını entegre eder.
- MPP, çeşitli veri girişlerini (MaxQuant, FragPipe, Proteome Discoverer) ve deney tasarımlarını (tekli/ikili veri setleri, afinite saflaştırma, yakınlık etiketleme) destekler.
- Kıyaslama, tekrarlanabilir protein kümelerini ve biyolojik olarak anlamlı desenleri tanımlama yeteneğini göstermiştir.
Yapay zekâ ile başlık ve abstract'tan üretildi; tam metin okunmaz.
Özet (abstract)
Abstract Manchester Proteome Profiler (MPP) is an open-source R Shiny application that streamlines the downstream analysis of quantitative proteomic data. Compatible with grouped protein intensities tables from MaxQuant, FragPipe, Proteome Discoverer, and other custom layouts, MPP provides an integrated platform for filtering, normalization, imputation, differential expression analysis, and cluster analysis across user-chosen experimental conditions. MPP supports both single- and dual-data set comparisons, incorporates SAINTexpress for affinity purification and proximity labeling experiments, and enables downstream analysis of the significant protein list clusters to functional enrichment and interaction networks via Gene Ontology, BioGRID, and STRING. Benchmarking with a KRAS proximity biotinylation data set demonstrated the ability of MPP to identify reproducible clusters of differentially expressed proteins and reveal biologically meaningful patterns, including enrichment of solute carrier transporters and adhesion molecules. With interactive visualizations, customizable reports, and support for complex experimental designs, MPP offers a novel, versatile, and user-friendly environment for proteomic data exploration and hypothesis generation.
Yazarların özeti; kaynağından alınmıştır. Journal of Proteome Research, 2026 · DOI ↗
Ücretsiz hesapla devam et
Makaleye Sor ile bu makaleye günde 3 soru ücretsiz; makaleyi kaydet, kaynakçasını al, ilgi alanına göre her gün yeni özetler. Çıkarımlar Premium.
Web'de ücretsiz devam etGoogle ya da Apple hesabınla giriş; kart istemez. Bu makaleye geri dönersin.
Telefonda:
Alan: Spektroskopi
SpectroscopyChemistry