Bioinformatics· 2014Q1
MSstats: kantitatif kütle spektrometrisi tabanlı proteomik deneylerinin istatistiksel analizi için bir R paketi
MSstats: an R package for statistical analysis of quantitative mass spectrometry-based proteomic experiments
- 1.161atıf
- Q1SCImago
- 2014yıl
Kısa özet
MSstats v2.0, kütle spektrometrisi tabanlı kantitatif proteomik verileri istatistiksel olarak analiz eden, etiketsiz ve etiket bazlı iş akışlarını ve çeşitli edinme yöntemlerini destekleyen bir R paketidir.
Yapay zekâ ile başlık ve abstract'tan üretildi; tam metin okunmaz.
Ana noktalar
- MSstats v2.0, kütle spektrometrisinden elde edilen kantitatif proteomik verilerin istatistiksel analizini destekler.
- Hem etiketsiz hem de etiket bazlı deneysel iş akışlarını barındırır.
- Paket, veri-bağımlı, hedeflenmiş ve veri-bağımsız spektral edinme türlerini işler.
- MSstats, istatistiksel çerçevesi için doğrusal karma modellerine dayanır.
- Kod, dokümantasyon ve örnek veri setleri açık kaynak olarak mevcuttur.
Yapay zekâ ile başlık ve abstract'tan üretildi; tam metin okunmaz.
Özet (abstract)
UNLABELLED: MSstats is an R package for statistical relative quantification of proteins and peptides in mass spectrometry-based proteomics. Version 2.0 of MSstats supports label-free and label-based experimental workflows and data-dependent, targeted and data-independent spectral acquisition. It takes as input identified and quantified spectral peaks, and outputs a list of differentially abundant peptides or proteins, or summaries of peptide or protein relative abundance. MSstats relies on a flexible family of linear mixed models. AVAILABILITY AND IMPLEMENTATION: The code, the documentation and example datasets are available open-source at www.msstats.org under the Artistic-2.0 license. The package can be downloaded from www.msstats.org or from Bioconductor www.bioconductor.org and used in an R command line workflow. The package can also be accessed as an external tool in Skyline (Broudy et al., 2014) and used via graphical user interface.
Yazarların özeti; kaynağından alınmıştır. Bioinformatics, 2014 · DOI ↗
Ücretsiz hesapla devam et
Makaleye Sor ile bu makaleye günde 3 soru ücretsiz; makaleyi kaydet, kaynakçasını al, ilgi alanına göre her gün yeni özetler. Çıkarımlar Premium.
Web'de ücretsiz devam etGoogle ya da Apple hesabınla giriş; kart istemez. Bu makaleye geri dönersin.
Telefonda:
Alan: Spektroskopi
SpectroscopyChemistry