Molecular Systems Biology· 2018Q1
Veriden bağımsız toplama tabanlı SWATH-MS, kantitatif proteomik için: bir eğitim
Data‐independent acquisition‐based SWATH‐MS for quantitative proteomics: a tutorial
- 1.047atıf
- Q1SCImago
- 2018yıl
Kısa özet
Bu eğitim, araştırmacılara, derin proteom kapsamı ve tutarlı doğruluk sunan bir yöntem olan kantitatif proteomik için SWATH-MS deneylerini kurma, gerçekleştirme ve analiz etme konusunda rehberlik etmektedir.
Yapay zekâ ile başlık ve abstract'tan üretildi; tam metin okunmaz.
Ana noktalar
- SWATH-MS, kantitatif proteomik için veriden bağımsız bir toplama yöntemidir.
- Tarafsız analiz için belirtilen kütle aralıklarındaki tüm peptitleri sistematik olarak parçalar.
- Veri analizi tipik olarak spektral kütüphanelere ve peptit sorgu parametrelerine dayanır.
- Eğitim, deney kurulumunu, ölçümü ve veri analizi stratejilerini kapsamaktadır.
Yapay zekâ ile başlık ve abstract'tan üretildi; tam metin okunmaz.
Özet (abstract)
Many research questions in fields such as personalized medicine, drug screens or systems biology depend on obtaining consistent and quantitatively accurate proteomics data from many samples. SWATH-MS is a specific variant of data-independent acquisition (DIA) methods and is emerging as a technology that combines deep proteome coverage capabilities with quantitative consistency and accuracy. In a SWATH-MS measurement, all ionized peptides of a given sample that fall within a specified mass range are fragmented in a systematic and unbiased fashion using rather large precursor isolation windows. To analyse SWATH-MS data, a strategy based on peptide-centric scoring has been established, which typically requires prior knowledge about the chromatographic and mass spectrometric behaviour of peptides of interest in the form of spectral libraries and peptide query parameters. This tutorial provides guidelines on how to set up and plan a SWATH-MS experiment, how to perform the mass spectrometric measurement and how to analyse SWATH-MS data using peptide-centric scoring. Furthermore, concepts on how to improve SWATH-MS data acquisition, potential trade-offs of parameter settings and alternative data analysis strategies are discussed.
Yazarların özeti; kaynağından alınmıştır. Molecular Systems Biology, 2018 · DOI ↗
Ücretsiz hesapla devam et
Makaleye Sor ile bu makaleye günde 3 soru ücretsiz; makaleyi kaydet, kaynakçasını al, ilgi alanına göre her gün yeni özetler. Çıkarımlar Premium.
Web'de ücretsiz devam etGoogle ya da Apple hesabınla giriş; kart istemez. Bu makaleye geri dönersin.
Telefonda:
Alan: Spektroskopi
SpectroscopyChemistry