Nucleic Acids Research· 2024Q1
PRIDE Veritabanı 20 Yaşında: 2025 Güncellemesi
The PRIDE database at 20 years: 2025 update
- 1.756atıf
- Q1SCImago
- 2024yıl
Kısa özet
Kütle spektrometrisi (MS) tabanlı proteomik verileri için önde gelen bir depo olan PRIDE veritabanı, Globus ve otomatik doğrulama gibi altyapı iyileştirmeleri sayesinde aylık ortalama 534 veri seti gönderim oranına ulaştı.
Yapay zekâ ile başlık ve abstract'tan üretildi; tam metin okunmaz.
Ana noktalar
- PRIDE Archive, ayda ortalama 534 yeni veri seti almaktadır.
- Altyapı iyileştirmeleri arasında büyük veri transferleri için Globus ve otomatik veri seti doğrulama süreci yer almaktadır.
- Yeni geliştirmeler arasında Büyük Dil Modelleri tarafından desteklenen bir PRIDE sohbet botu bulunmaktadır.
- MS çapraz bağlama veri kümeleri için gelişmiş destek artık mevcuttur.
- Verilerin yeniden kullanımı ve UniProt gibi kaynaklara entegrasyonu için çabalar artırılmıştır.
Yapay zekâ ile başlık ve abstract'tan üretildi; tam metin okunmaz.
Özet (abstract)
The PRoteomics IDEntifications (PRIDE) database (https://www.ebi.ac.uk/pride/) is the world's leading mass spectrometry (MS)-based proteomics data repository and one of the founding members of the ProteomeXchange consortium. This manuscript summarizes the developments in PRIDE resources and related tools for the last three years. The number of submitted datasets to PRIDE Archive (the archival component of PRIDE) has reached on average around 534 datasets per month. This has been possible thanks to continuous improvements in infrastructure such as a new file transfer protocol for very large datasets (Globus), a new data resubmission pipeline and an automatic dataset validation process. Additionally, we will highlight novel activities such as the availability of the PRIDE chatbot (based on the use of open-source Large Language Models), and our work to improve support for MS crosslinking datasets. Furthermore, we will describe how we have increased our efforts to reuse, reanalyze and disseminate high-quality proteomics data into added-value resources such as UniProt, Ensembl and Expression Atlas.
Yazarların özeti; kaynağından alınmıştır. Nucleic Acids Research, 2024 · DOI ↗
Ücretsiz hesapla devam et
Makaleye Sor ile bu makaleye günde 3 soru ücretsiz; makaleyi kaydet, kaynakçasını al, ilgi alanına göre her gün yeni özetler. Çıkarımlar Premium.
Web'de ücretsiz devam etGoogle ya da Apple hesabınla giriş; kart istemez. Bu makaleye geri dönersin.
Telefonda:
Alan: Bilişim Sistemleri
Information SystemsComputer Science