Nucleic Acids Research· 2021Q1
PRIDE veritabanı kaynakları 2022'de: kütle spektrometrisi tabanlı proteomik kanıtlar için bir merkez
The PRIDE database resources in 2022: a hub for mass spectrometry-based proteomics evidences
- 6.779atıf
- Q1SCImago
- 2021yıl
Kısa özet
Kütle spektrometrisi proteomik verileri için önde gelen bir depo olan PRIDE veritabanı, 2019'dan bu yana kaynaklarını ve altyapısını önemli ölçüde genişletti. Ayda ortalama yaklaşık 500 veri seti işliyor ve PRIDE Spectra Arşivi aracılığıyla kütle spektrumlarına doğrudan erişim sunuyor.
Yapay zekâ ile başlık ve abstract'tan üretildi; tam metin okunmaz.
Ana noktalar
- PRIDE Arşivi, 2021'de ayda ortalama yaklaşık 500 veri seti işledi.
- PRIDE Spectra Arşivi, kütle spektrumlarına doğrudan erişim sağlıyor.
- Geliştirilmiş proteomik metaveri açıklaması için MAGE-TAB formatı geliştirildi.
- UniProt ve Ensembl gibi kaynaklara veri yeniden kullanımı ve yayılması artırıldı.
Yapay zekâ ile başlık ve abstract'tan üretildi; tam metin okunmaz.
Özet (abstract)
The PRoteomics IDEntifications (PRIDE) database (https://www.ebi.ac.uk/pride/) is the world's largest data repository of mass spectrometry-based proteomics data. PRIDE is one of the founding members of the global ProteomeXchange (PX) consortium and an ELIXIR core data resource. In this manuscript, we summarize the developments in PRIDE resources and related tools since the previous update manuscript was published in Nucleic Acids Research in 2019. The number of submitted datasets to PRIDE Archive (the archival component of PRIDE) has reached on average around 500 datasets per month during 2021. In addition to continuous improvements in PRIDE Archive data pipelines and infrastructure, the PRIDE Spectra Archive has been developed to provide direct access to the submitted mass spectra using Universal Spectrum Identifiers. As a key point, the file format MAGE-TAB for proteomics has been developed to enable the improvement of sample metadata annotation. Additionally, the resource PRIDE Peptidome provides access to aggregated peptide/protein evidences across PRIDE Archive. Furthermore, we will describe how PRIDE has increased its efforts to reuse and disseminate high-quality proteomics data into other added-value resources such as UniProt, Ensembl and Expression Atlas.
Yazarların özeti; kaynağından alınmıştır. Nucleic Acids Research, 2021 · DOI ↗
Ücretsiz hesapla devam et
Makaleye Sor ile bu makaleye günde 3 soru ücretsiz; makaleyi kaydet, kaynakçasını al, ilgi alanına göre her gün yeni özetler. Çıkarımlar Premium.
Web'de ücretsiz devam etGoogle ya da Apple hesabınla giriş; kart istemez. Bu makaleye geri dönersin.
Telefonda:
Alan: Spektroskopi
SpectroscopyChemistry