Nucleic Acids Research· 2014Q1
PhosphoSitePlus, 2014: mutasyonlar, PTM'ler ve yeniden kalibrasyonlar
PhosphoSitePlus, 2014: mutations, PTMs and recalibrations
- 3.484atıf
- Q1SCImago
- 2014yıl
Kısa özet
PhosphoSitePlus bilgi tabanı artık, yeniden analiz edilmiş ve güvenilirliği artırılmış kütle spektrometrisi verilerinden elde edilen %95'in üzerindeki verilerle 330.000'den fazla memeli post-translasyonel modifikasyonunu (PTM) içermektedir.
Yapay zekâ ile başlık ve abstract'tan üretildi; tam metin okunmaz.
Ana noktalar
- PhosphoSitePlus (PSP) artık 330.000'den fazla memeli PTM'sini içermekte, bunların %95'inden fazlası kütle spektrometrisi verilerindendir.
- Erken MS verileri, ortak bir analiz standardı uygulayarak güvenilirliği artırmak için yeniden analiz edildi.
- Yeni 'Regülatör bölgeler' veri seti, hücresel işlevleri düzenleyen PTM'ler hakkında küratörlü bilgiler sağlar.
- Sinyal yollarını etkileyen 25.000'den fazla PTM-varyant etkileşimini içeren 'PTMVar' veri seti tanıtıldı.
Yapay zekâ ile başlık ve abstract'tan üretildi; tam metin okunmaz.
Özet (abstract)
PhosphoSitePlus(®) (PSP, http://www.phosphosite.org/), a knowledgebase dedicated to mammalian post-translational modifications (PTMs), contains over 330,000 non-redundant PTMs, including phospho, acetyl, ubiquityl and methyl groups. Over 95% of the sites are from mass spectrometry (MS) experiments. In order to improve data reliability, early MS data have been reanalyzed, applying a common standard of analysis across over 1,000,000 spectra. Site assignments with P > 0.05 were filtered out. Two new downloads are available from PSP. The 'Regulatory sites' dataset includes curated information about modification sites that regulate downstream cellular processes, molecular functions and protein-protein interactions. The 'PTMVar' dataset, an intersect of missense mutations and PTMs from PSP, identifies over 25,000 PTMVars (PTMs Impacted by Variants) that can rewire signaling pathways. The PTMVar data include missense mutations from UniPROTKB, TCGA and other sources that cause over 2000 diseases or syndromes (MIM) and polymorphisms, or are associated with hundreds of cancers. PTMVars include 18 548 phosphorlyation sites, 3412 ubiquitylation sites, 2316 acetylation sites, 685 methylation sites and 245 succinylation sites.
Yazarların özeti; kaynağından alınmıştır. Nucleic Acids Research, 2014 · DOI ↗
Ücretsiz hesapla devam et
Makaleye Sor ile bu makaleye günde 3 soru ücretsiz; makaleyi kaydet, kaynakçasını al, ilgi alanına göre her gün yeni özetler. Çıkarımlar Premium.
Web'de ücretsiz devam etGoogle ya da Apple hesabınla giriş; kart istemez. Bu makaleye geri dönersin.
Telefonda:
Alan: Spektroskopi
SpectroscopyChemistry